1940年9月，日军占领越南，国民革命军第182师、第184师转调云南防守红河州一带，并改编为第1集团军第1路军，参与滇南边境保卫战。
1941年5月，第60军再次与新3军建制对调，随后北上参与了第二次长沙会战。
1943年秋季，日军由印度支那半岛进攻滇缅边境，60军由中南战场回防云南。
1945年8月15日，奉中央军事委员会的命令，卢汉亲率国民革命军第93军、第60军入越南的南定市，接受日军投降。
1945年11月，蒋中正又重新整编滇军，将8个步兵师缩编为2个军，即国民革命军第93军、第60军，同月曾泽生被任命为第60军长。
从1937年到1945年八年间，第60军参加了台儿庄会战、湘赣会战、武汉会战、长沙会战、常德会战、长衡会战、滇南防御作战、缅北反击战、滇西战役，为捍卫中华民族主权完整，人民的安宁幸福立下了不世之功。
解放战争时期：
1945年9月15日，蒋介石命新编第3军军部和新编第12师撤销，并入第183师，归第58军建制，驻防安徽芜湖、安庆，脱离了第1集团军指挥。10月3日，在蒋介石策划下，昆明防守司令杜聿明乘机发动倒龙“政变”，包围五华山，迫使龙云交出权力。
龙云权到重庆就任军事参议院院长之职。
随后，蒋介石任命卢汉为云南省主席，卢汉回云南后，依蒋介石的要求，对驻越滇军进行了整编，第60军和第93军各缩编为3个师，原暂编独立第19师、第23师番号取消，裁并后分别编入第60、第93军各师，原滇军8个师整编为2个军6个师，滇军整编后不久，蒋介石便将这两军调往东北，参加内战。
1946年3月-4月，滇军60、第93军从越北由海路先后直接运抵东北，第60军置于辽南，第93军驻防辽西走廊。
其中，第60军军部及暂第21师驻守抚顺;第182师驻铁岭，第184师驻鞍山、海城等地。
第58军被整编为第58师，辖第183、新编第10、11旅。
5月下旬，南满解放军第4纵队包围了海城，滇军第184师师部及1个团被困，形势危急。
师长潘朔端向杜聿明告急，杜令新1军军长孙立人率兵解海城之危，大兵围城，救援无望，师长潘朔端倍感失望，率部2900余人起义。
蒋介石为稳定滇军，特派卢汉到东北安抚。
1948年10月15日，滇军第93军在锦州被解放军消灭，军长卢浚泉被生俘。
蒋中正对这支骁勇善战的少数民族部队一直都不是很放心，再加上装备给养都不如驻防长春城西的国民革命军新编第七军，最终导致这支来自云南的滇军投降。
