吴三桂和耿精忠得到消息后，寝食难安，在同年七月先后上疏请求撤兵，以试探朝廷。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。但大臣们并不都支持撤藩，甚至有不少人认为三藩势大，朝廷为了维护稳定，应尽量不要招惹三藩，如大学士索额图、图海等，就认为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙命大臣们商议，众大臣意见纷纷，吵吵闹闹地商量了半天，也拿不出个统一的意见。康熙考虑到藩镇久握重兵，已成割据之势，非国家之利，又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，三藩不一定作乱，如果能够徙藩，就不用兵戎相见，于是下令三藩俱撤还山海关外。
但吴三桂、耿精忠疏请移藩，只是迫于形势，并非本意，到手的权势富贵，他们怎么会轻易放弃呢。吴三桂是希望朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，十分失望愤怒，于是与其心腹聚谋，暗中部署兵马，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。
康熙十二年八月清政府命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清政府命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党羽正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行，让三藩抓紧时间走人。而吴三桂表面拜诏，却屡次拖延行期，紧密地准备叛乱。
但名不正则言不顺，用什么名义起兵呢？要知道，当时天下久经战乱，民心思安，如果没有合适的名义起兵，是难以获得百姓响应的。吴三桂最终决定以“复明”为口号。
是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。吴三桂很希望自己的这番动听的表白，能让天下的汉人支持他。不过民众认识一个人，并不只是听他说了什么，还要看他做了什么，尽管吴三桂说得好听，却没有人肯相信他。三藩的起兵并没有成为一场“恢复汉家衣冠”的战争，而是一场叛乱。
吴三桂起兵造反后，云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州听到变乱的消息，马上派人告知川湖总督蔡毓荣，又赶赴镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜***，三藩之乱由此开始。
