13日，丰璋王为迎接日本援军，率水军候于白江口，17日时唐、新罗的水军和日本船师同时抵达，两军交战。当时日本战船有400余艘，唐、新罗联军只有170艘，兵力也处在劣势，在三回合较量中，双方未取得决定性战果，到18日，两军第四次合战，由于日、百济方高估了已方优势，轻视唐、新罗联军的实力，盲目冒进，结果大败，400余艘战船被焚，兵卒大多溺死，残军投降，百济国灭亡。
白江口海战胜利后，唐朝继续对高句丽用兵，因此未能惩罚倭国与百济联合与唐朝发生战争的行为，唐朝始终与当时的倭国保持联系，但密切程度已经低于圣德太子起至孝德***这段期间与中国隋唐两朝的关系。而日本方面由于始终担心唐朝对日用兵，同样未能主动发起更大规模的与唐朝密切联系，而这一切，由于日本天武***登基后完全改变。日本在白江口海战败于中国之后，更激发了向唐朝学习的热情，开始派遣规模更大、次数更多的遣唐使，中日两国历史上最友好和文化交流最密切的时期终于开启，直至公元894年日本单独结束派遣遣唐使，才结束了这一中日历史上一度真正友好的时期。
到了13世纪中期，蒙古帝国南取大理，东降高丽，征宋计划也将完成。放眼整个东方，唯日本隔海独立于帝国版图之外。公元1270年，蒙古使节第五次到达日本，传达了忽必烈的旨意：如果日本不向蒙古朝贡，蒙古人即将出兵，当时18岁的日本执政者北条时宗坚决拒绝这一要求，并压制了其他人的妥协态度，下令西国的守护和地头准备防御。忽必烈闻此讯后，抑制不住五次遣使、五次被拒绝的愤怒与耻辱，他不顾蒙古与南宋激战正酣，下令准备军队、船只、粮饷， 向日本发起战争攻势。日本军队也在北条时宗的命令下严阵以待。
尽管日本人的武器无法与蒙古人的长距离武器相匹敌，他们的指挥官也不如久经战场考验的蒙古军队领袖那样有经验，但他们擅长于面对面的搏斗，而战斗过程中突然降临的暴风雨使蒙古军队和船舰在退往旷海中时损害惨重，他们不得不无功撤退。蒙古人第一次东征日本以失败告终。这在蒙古兴起后的战争史中极其罕见的。蒙古人战无不胜的神话在海战中破灭。
忽必烈听到征服日本失败的消息后，感到非常震惊，再次派遣重要使者携书前往日本，并以强硬的态度要求日本纳贡，否则将诉诸于武力。但日本政府拒绝了元朝的要求并处死了使节。忽必烈与他的祖父一样，决心不惜一切代价惩罚日本国，他一方面招募军队、筹集资金；另一方面遣使要求日本迅速朝贡，否则元军将至。北条时宗再次拒绝了忽必烈的要求，并积极策划远征高丽。忽必烈别无选择，他于至元十八年以日本杀使臣为由，结集南宋新投降的十万人组成一支大军远征日本。兵分两路：洪茶丘、忻都率蒙古、 高丽、汉军四万，从高丽渡海；阿塔海、范文虎、李庭率新附军乘海船九千艘，从庆元、定海启航。但是同样因遭受台风袭击而失败。
